Samuel Alizon, biólogo de la evolución: Un virus que muta y muta... y nunca desaparecerá

Con el paso del tiempo, más complejas se vuelven las preguntas y los problemas planteados por la pandemia de SARS-CoV-2 y sus variantes. Y en ese escenario, la biología de la evolución podría ser una herramienta útil en el combate al covid.

–¿Considera a los virus seres vivos? 

–La cuestión sigue debatiéndose. En realidad es casi un problema filosófico. Por eso me escabullo diciendo “al igual” que los seres vivos, los virus evolucionan.

Biólogo de la evolución, director de investigación del Centro Nacional de Investigación Científica (CNRS), Alizon encabeza un equipo de trabajo del Centro Interdisciplinario de Investigación en Biología que estudia el SARS-CoV-2 desde marzo de 2020. Es también autor de Reconciliar Pasteur y Darwin para controlar las enfermedades infecciosas, un libro publicado en 2018 que cobra tanta actualidad con la pandemia, que acaba de ser reeditado.

“La evolución se basa en algo aleatorio, en el azar, y es precisamente el azar lo que la vuelve difícilmente predecible”, puntualiza el especialista. “Sin embargo, partiendo de nuestro conocimiento de los otros virus y de sus procesos evolutivos, es posible tener intuiciones sobre la dirección evolutiva que puede tomar una población viral a corto y largo plazos.”

–¿Cómo se traduce eso? 

–Nuestro equipo, por ejemplo, alertó sobre la emergencia potencial de variantes del virus histórico de Wuhan en Francia cuando en nuestro país no se enfocaba esa hipótesis. Más tarde demostramos que la variante alfa tenía una ventaja de transmisión en relación con los linajes ancestrales y en Gran Bretaña nuestros colegas biólogos de la evolución evidenciaron que su virulencia había aumentado 50%. De igual forma, en junio de 2021 demostramos que la variante delta era más contagiosa que la alfa.

“Variantes preocupantes”

–¿Cómo se podría sintetizar esa serie de mutaciones?

–Lo que se puede decir globalmente es que al principio el SARS-CoV-2 tuvo una “evolución neutra”. Me explico: cada vez que infecta a una persona, el virus produce nuevos virus en las células atacadas. Pero pueden surgir errores en ese proceso de replicación cuando el virus copia su genoma. Por lo general no pasa nada, porque la mayoría de las mutaciones generadas provocan infecciones similares a las causadas por los virus históricos. Son “mutaciones neutras”. Fue lo que pasó en el curso de 2020. Los virus eran un poco diferentes, pero sus síntomas y su contagiosidad eran bastante similares. En cambio, a fines de 2020 y de 2021 pasó lo que habíamos advertido, inclusive a una escala que rebasó ampliamente lo que habíamos intuido: la evolución dejó de ser neutra y aparecieron mutaciones que modificaron profundamente las características de la infección.

–¿Qué criterios se toman en cuenta para hablar de la emergencia de una variante?

–La OMS define dos tipos de variantes, las “interesantes” y las “preocupantes”, en función de dos criterios precisos. Las variantes preocupantes, como alfa, beta, gamma, delta y ahora ómicron, generan un tipo de infección distinta, que puede ser más contagiosa, más o menos virulenta o escapar a la inmunidad y a los tratamientos. Le puedo asegurar que a partir del momento en que se usen tratamientos contra el SARS-CoV-2 a gran escala, aparecerán virus con potencialidad de resistencia. El segundo criterio es que provocan un repunte epidémico y eso es precisamente lo que nos permite detectarlos.

Después de un momento de reflexión, Alizon precisa: “A mi juicio, existe otro criterio importante que aparece en los cincos casos de variantes de SARS-CoV-2 conocidos hasta la fecha: su número de mutaciones. Alfa acumuló una docena de mutaciones respecto de la cepa histórica secuenciada en Wuhan; beta, 14; delta, 50; ómicron tiene 60.

–¿Por qué la OMS define como “interesantes” las otras variantes?

–Son virus mutantes que sólo llenan parcialmente el segundo criterio, porque tienen una circulación geográfica más limitada. De todos modos, no importa que sean clasificadas como interesantes, preocupantes o neutras: todas las variantes son de interés a escala científica, en particular para la biología de la evolución y la epidemiología, porque permiten seguir las huellas de los virus. Hasta la fecha se conocen cinco variantes preocupantes y cuatro interesantes.

–¿Cómo se explica esa multiplicación tan rápida?

–La velocidad de la evolución viral depende de la libertad de circulación del microbio. Mientras más infecciones, más probabilidades de tener mutantes. A mi juicio no es casual que estas variantes hayan emergido en su amplia mayoría en contextos de fuerte circulación viral: gamma surgió en Brasil, delta en la India.

–Y ómicron en Sudáfrica…

–¡Cuidado! Ómicron fue identificado en Sudáfrica pero no surgió allí. Aparentemente su “ancestro” estaba circulando desde 2020 en un país africano, probablemente vecino de Sudáfrica, donde no hay infraestructura que permita realizar secuenciación de genomas. Fue detectado en Sudáfrica precisamente porque ese país cuenta con la tecnología adecuada. 

“Estas formas ancestrales eran diferentes de la variante ómicron que enfrentamos desde finales de 2021, pero el hecho de que hayan circulado y evolucionado bajo los radares durante tanto tiempo nos incita a ser muy modestos y muy prudentes en cuanto a nuestros conocimientos en materia de evolución viral. Nos demuestra que el SARS-CoV-2 ya adquirió una diversidad problemática que todavía conocemos mal. 

“Esa larga circulación inadvertida en África parece coherente con el hecho de que ómicron sea tan distinto de las demás variantes con las que no tiene parentesco cercano. Pero se menciona otra hipótesis para explicar su ‘rareza’. Científicos sugieren que el virus pudo haber mutado en el organismo de una persona inmunodeprimida. Ya se sabe que una infección con SARS-CoV-2 puede durar hasta seis meses en afectados por el VIH. Durante ese lapso pueden ocurrir numerosas mutaciones significativas.”

El científico señala otras diferencias importantes entre la variante ómicron y sus antecesoras: “Hasta la variante delta, e incluyéndola, el aumento de la contagiosidad de las variantes iba acompañada de un auge de su virulencia. Es lo que se llama ‘compromiso adaptativo’ entre el tiempo que dura la infección y la contagiosidad.

“Para transmitirse a nuevos huéspedes el virus debe producir nuevas partículas virales y esa carga viral determina su contagiosidad. Mientras más virus tiene el paciente en la sangre en el caso del VIH, o en la nariz en el de SARS-CoV-2, más contagioso será. Y mientras más elevada es la carga viral, más células resultan infectadas y destruidas. Así se explica esquemáticamente la relación que existe entre contagiosidad y virulencia.”

–Y ahora ómicron cambia las reglas…

–Por el momento con ómicron asistimos a un aumento de la contagiosidad y a una disminución de la virulencia en relación con la delta. Es algo inédito. Sin embargo, cabe recordar que sólo se detectó ómicron hace un poco más de dos meses y que no disponemos de suficientes datos para interpretar cabalmente lo que pasa.

–¿Ni siquiera se pueden arriesgar hipótesis?

–Bueno, contrario a las cuatro variantes anteriores que infectaban esencialmente las vías respiratorias bajas, como los pulmones, ómicron parece más adaptado a las vías respiratorias altas, como la faringe o la laringe, donde las células inmunológicas son menos abundantes. En biología de la evolución decimos que ómicron colonizó un “nicho ecológico” distinto. 

“Se puede pensar que esa ruptura con la teoría de la relación entre contagiosidad y virulencia desembocará en una ‘innovación’. No se debe descartar la posibilidad de una divergencia en el seno del SARS-CoV-2. Es como si dos poblaciones virales estuvieran tomando dos caminos distintos: una se especializaría en la colonización de vías respiratorias bajas, causando una enfermedad bastante virulenta y muy inmunogénica, y otra colonizaría las vías respiratorias altas y podría resultar menos virulenta, menos inmunogénica y menos contagiosa.

–En otras palabras, existe la eventualidad de ser expuesto a dos tipos de covid 19.

–Tal vez. Todo depende de la coexistencia entre delta y ómicron y del impacto de su inmunidad cruzada. Falta saber si el hecho de haber sido infectado por delta protege o no contra ómicron en el largo plazo.

Evolución permanente

–Esa especie de bifurcación entre dos poblaciones virales, ¿es algo único en el proceso evolutivo de los virus? –pregunta la corresponsal.

–No es nuevo. El VIH, por ejemplo, no deja de evolucionar, escapa al sistema inmunológico, coloniza distintos órganos, inclusive a escala de una misma persona… Pero lo que sí es muy distinto entre ómicron y delta es que causan infecciones diferentes. Es una situación que es preciso seguir de muy cerca.

Después de otro breve silencio, Alizon recalca: “Ómicron plantea otro problema: el de su escape inmunológico. Es la primera vez que una variante se juega de manera significativa de la inmunidad natural y de la inducida por la vacuna. Para la biología de la evolución no es realmente una sorpresa. Como le dije anteriormente, vacunas y tratamientos ejercen una presión de selección sobre las poblaciones virales. Por eso, a mi juicio, la idea de una erradicación de SARS-CoV-2 es cada vez menos realista. Para erradicar un virus es preciso que una proporción suficientemente elevada de la población esté inmunizada”.

El científico recuerda que esa proporción depende del número básico de reproducción, el R0.

–El R0 indica el número de personas que un individuo infectado puede infectar a su vez. En el caso de Francia, el R0 era de tres en marzo pasado. Actualmente, con ómicron, es de ocho. Eso significa que para erradicar el virus hoy sería preciso contar con 90% de la población francesa vacunada con tres dosis, lo que dista de ser el caso. Ómicron sacude lo que sabíamos sobre la solidez de la inmunidad.

–¿Y qué pasa con BA.2, que se está imponiendo en Dinamarca, progresa en Gran Bretaña y ya fue detectado en otras 55 naciones?

–Tenemos aun menos datos sobre BA.2 (que es un linaje hermano de la variante ómicron) que sobre ómicron mismo. Es muy probablemente oriundo del mismo país africano que ómicron y se propagó al resto del mundo al mismo tiempo que él. Desconocemos su virulencia exacta y hasta donde sabemos se propagaría con más velocidad. Pero nos falta establecer si circula más rápido porque es más contagioso o porque escapa aún más a la inmunidad que ómicron y también necesitamos datos sobre la inmunidad cruzada de ómicron y BA.2. 

–Según declaraciones recientes de la viróloga Marie Paule Kieny, exdirectora adjunta de la OMS e integrante del consejo de orientación de la estrategia de vacunación contra el covid-19 de Francia, “aún no se sabe si el repertorio de las mutaciones de SARS-CoV-2 va a ser limitado para preservar la estructura funcional de la proteína Spike (“llave” que permite que el coronavirus abra “las cerraduras” de las células del organismo) o si el universo de las mutaciones posibles es casi ilimitada”. ¿Cuál de las dos hipótesis privilegia?

–Es todo el debate actualmente. Al igual que numerosos colegas suyos en el mundo, Bruno Canard, experto en virus ARN de fama internacional e investigador del CNRS de Marsella, considera que el coronavirus no podrá escapar a la inmunidad en forma indefinida. Ese eminente científico parte del hecho de que el coronavirus cuenta sólo con 29 mil pares de bases en su genoma –a diferencia del genoma humano, que tiene más de 6 mil millones– y que cada par es importante. 

“Según Canard, cada mutación que participa en el escape inmunológico puede tener un costo muy alto para el virus y limitar su capacidad de producir nuevos viriones.

“Hay otra corriente –a la que pertenezco– que se muestra un poco más desconfiada. El gran problema que enfrentamos es que cada mutación modifica el paisaje adaptativo del virus. Cada variante hace que potencialmente todo vuelva a empezar desde cero. Basta ver lo que pasa con el virus de la influenza, que no tiene problemas para renovarse. En realidad todo va a depender de la velocidad con la que evoluciona el virus y de la resistencia de nuestra memoria inmunitaria.

FIN