Los locales se pusieron al frente gracias a los goles de Mads Pedersen al 23' y André Hahn al 35'.
Robert Lewandowski acortó al 38', pero la contundencia ya no regresó al cuadro de Múnich pese a tener 18 tiros a puerta en el juego.
Con esto, el Bayern se mantiene como líder con 28 puntos tras 12 partidos, pero el Borussia Dortmund, con 24, se le puede pegar a uno.
El Augsburgo, por su parte, sale, de momento, de la zona de descenso con 12 puntos.