La flora y fauna del bajo río Bravo, fue clasificada por Blair en 1950, dentro de la provincia biótica conocida tamaulipeca, como parte del distrito biótico conocido como Matamoros. Esta clasificación, una de las primeras y más amplias para la región, está basada principalmente en rasgos topográficos y climáticos, aunados a tipos de vegetación y de algunos vertebrados terrestres. Estudios más recientes reconocen a 11 provincias bióticas en el delta del río Bravo, de las cuales, siete se encuentran en ambos lados del río, entre la Presa Falcón y la desembocadura del río Bravo.
El bosque ribereño, la más extensa de las provincias en ese listado, abarca desde las inmediaciones de Díaz Ordaz hasta Matamoros. Esta comunidad incluye olmos, fresnos, palos blancos y encinales revueltos con mezquites y granjenos. En su máxima expresión, estos bosques llegaron a ser densos con canopea o dosel forestal, donde la fauna contaba con una gran disponibilidad de agua y alimentos silvestres.
En la curva más sureña del río Bravo, del lado de Texas, permanecen las últimas hectáreas del boscaje de palma sabal mexicana, la cual alguna vez ocupó toda la planicie fluvial del bajo río Bravo. En conjunto, estas dos últimas provincias formaron principalmente un denso boscaje ribereño hasta el periodo colonial a lo largo de la planicie fluvial del bajo río Bravo.
Actualmente, en los ecosistemas del río sobreviven más de 1,100 especies de plantas vasculares, y más de 700 especies de vertebrados, entre éstas, se incluyen 61 especies de mamíferos. La vegetación del delta del río Bravo, está en una posición geográfica en donde convergen plantas de diferentes provincias bióticas del continente, compartiendo plantas que crecen en Centro América y sur de México, en la llanura costera del Golfo de México, en la planicie sureña de Texas o en el desierto chihuahuense.
- El tejón o coatí de nariz blanca (nasua narica), era conocido por los nativos del río Bravo como pakwa´-ule.
En el entorno ribereño se cuenta con 484 especies de aves, entre las migratorias y locales. Es importante el cuidado de este hábitat, ya que la mayoría de las aves son migratorias y dependen de él, para sus travesías en el continente. El deterioro total traería el exterminio de muchas de las especies.
En la fauna acuática del río existen un par de especies de tortugas: la sirena del río Bravo (salamandra), y el camarón de agua dulce. Los peces en el río son el catán, matalote, tilapia, bagre, agujeta, carpa, lobina, cíclido del río Bravo y velífera. En ese entorno acuático, son residentes del sistema pluvial, el castor y la nutria. Éste último, es dañino para los sistemas de riego.
La población de insectos nos da la idea de la gran biodiversidad que habitó en el delta. Tan solo en el santuario Audubón de la Palma Sabal, al este de Brownsville, se han estudiado desde el siglo pasado más de 900 especies de escarabajos. De la orden ondonata existen 69 especies de los paleópteros, llamados como caballetes o libélulas. En el entorno del delta del río Bravo, sobrepasan las 300 especies de mariposas.
Fauna en la lengua de los comecrudoEn 1886, el etnólogo suizo Albert S. Gatschet, recabó el vocabulario de la lengua comecrudo, de los últimos hablantes que permanecían en Las Prietas, punto fundamental donde había estado asentada la Misión San Joaquín del Monte, al margen del río Bravo. De sus cuatro informantes, recabó un gran número de palabras de esa lengua, entre las que se encuentran los nombres de la flora y la fauna, que reconocían los diferentes grupos étnicos que hablaban esta lengua y que habitaron el río Bravo desde Laredo hasta la desembocadura en el Golfo de México.
En el material lingüístico rescatado por John R. Swanton, de las notas del suizo, podemos ver 23 de los nombres de los mamíferos, entre ellos se encuentran los nombres en comecrudo para animales domésticos como el caballo, la vaca, puerco y el perro; éste último, fue el único animal domesticado entre estas poblaciones nativas. Los dos primeros, las gallinas y el cerdo, habían sido traídos ya domesticados desde Europa.
En el listado de palabras en comecrudo, se mencionan 20 aves, de las cuales solo las gallinas europeas eran domesticadas, siete reptiles, siete peces, 15 insectos, dos moluscos y un anfibio. Esto nos muestra la biodiversidad que existía en el bajo río Bravo.