Las disputas jurisdiccionales en la parte sur del Nuevo Reino León le acarrearon una serie de pleitos al gobernador Luis de Carvajal. Entre los años de 1583 a 1585, se llevó un pleito ante la Audiencia de México al tratar de establecer su autoridad en los territorios, en la parte sur de la provincia de sus capitulaciones, en el área del Pánuco, encontrando oposición en tales alcaldes mayores como Juan de Villaseñor de Alarcón, de la provincia de Pánuco, y Francisco Guerrero, de Valles.
El fiscal de la Audiencia de México, Eugenio Salazar, sería su principal opositor. Aunque la Ejecutoria fue dada por los oidores de la Audiencia a favor del gobernador Carvajal, no lograría obtener el control total de los asentamientos sureños de su reino. Carvajal de cierta forma había tenido el apoyo de los virreyes desde su primer arribo a la Nueva España, apoyo que duró hasta el virrey Pedro Moya de Contreras, quien fuera también arzobispo de México.
La suerte de Carvajal cambiaría con la llegada del nuevo virrey Álvaro Manrique de Zúñiga, marqués de Villamanrique, quien daría apoyo a su oponente, el fiscal Salazar. Uno de los puntos importantes de ese virreinato, fue el intento de Villamanrique de conseguir autoridad total sobre las entidades autónomas de Nueva Galicia, Nueva Vizcaya y el Nuevo Reyno de León; logrando deshacer momentáneamente a este último. En su gobierno, algo despótico, logró una seria confrontación con la Audiencia de Nueva Galicia, al tratar de controlar a sus oidores.
Álvaro Manrique de Zúñiga, marqués de Villamanrique, 7º virrey de la Nueva España, desintegró el proyecto colonizador de Luis de Carvajal, en el Nuevo Reino de León.
En la primavera de 1586, después de que pasara un año en el área, entre la villa de San Luis y la ciudad de León (hoy día Monterrey y Cerralvo), Carvajal decidió regresar hacia la parte sureña de sus capitulaciones, abriendo un camino para carretas entre las minas, cerca de las poblaciones norteñas y Tampico. Phelipe Núñez, Juan de Carvajal, Pedro Hernández de Almanza y Juan Ochoa Garibay, fueron los testigos que declararon en la Audiencia de Guadalajara, sobre haber participado en esta expedición con Luis de Carvajal. Otros cuatro testigos, vieron u oyeron sobre la partida y regreso de las carretas a la ciudad de León.
Según Clavijo, había contratado 13 carretas de Alonso Ruiz, quien le cobró $1,400 pesos por el flete. Aunque Juan de Carvajal declaró que, las llevó vacías solo para abrir camino, mientras que Juan Ochoa Garibay decía que, había llevado una cantidad de plomo y greta hasta el pueblo de Tanchipa. Phelipe Núñez mencionó que el camino era cien leguas menos del que iba de Veracruz a Zacatecas, pasando por la ciudad de México. Este último testigo, mencionaba que el flete de dichas carretas había costado $1,500 pesos de oro común a Carvajal, sin llevar nada más que su ropa.
Según los testigos, el haber hecho este viaje era un servicio notable para la corona española, pues abría la comunicación con los pueblos del Nuevo Reino de León, minas de Mazapil, Sombrerete, San Martín y Zacatecas; llevando las mercaderías de Castilla desde el puerto de Tampico con menos riesgos, por donde se podían llevar mulas y caballos de la región del Pánuco, lugar donde abundaban a mejores precios.
Varios de los testigos aseguraron que, los grupos étnicos a lo largo del camino salían a darles de sus frutas con muestras de agradecimiento que le tenían a Carvajal. Algunos testigos mencionan que Carvajal tenía de paz, a más de 12 mil indígenas (otros mencionan solo seis mil), en las rancherías a lo largo del camino, donde colocó cruces representando el cristianismo que les inculcaba, con el apoyo de un sacerdote que los acompañaba y a cada cacique le daba su vara de justicia (bastón de mando); los agasajaba con regalos, vestimentas y otras cosas.
Carvajal empezó a construir una casa fuerte en la desembocadura de río Pánuco, en donde se decía era tierra de guerra. Este era un proyecto que lo mencionaba en las capitulaciones con el rey, para proteger el puerto de Tampico de corsarios y después sería de los grupos indígenas sublevados.
Carvajal había alcanzado a hacer unas tapias de palizada fuerte, con una casa adentro, cuando fue llamado a la ciudad de México por el virrey Villamanrique. Dejando la obra inconclusa, algunos de los testigos permanecieron en el lugar sin poder continuar por la ausencia del gobernador y los continuos ataques de los indios. Phelipe Núñez, fue uno de los que acompañó a Carvajal hasta la ciudad de México.
En el verano de 1586, la orden enviada por el virrey al gobernador Luis de Carvajal y a su rival, el alcalde de Valles, Francisco Guerrero, tenía las intenciones de desaparecer el proyecto de Carvajal: el Nuevo Reino de León.
El virrey, Álvaro Manrique de Zúñiga, marqués de Villamanrique, le pedía a Carvajal en la carta, que se presentara ante su corte para comunicarle negocios de suma importancia, para la conservación y crecimiento del reino. Le pedía que se presentara dentro de los 30 días, a partir de que recibiera el documento. Debería asegurarse de que todos los capitanes bajo su servicio se retiraran de su reino, debido a que no eran colonos. Le advertía que, si no se presentaba, le enviaría a una persona, para que lo trajera bajo sus propios gastos.
La orden la recibió mientras trabajaba en el fuerte en la desembocadura del río Pánuco, creyendo era importante, viajó y en corto tiempo, ya se encontraba en México. En la carta de su rival, Francisco Guerrero, se le informaba que a Carvajal se le había ordenado presentarse en la ciudad de México; explayándose que se les había ordenado a los soldados de Carvajal, desalojaran el Nuevo Reino de León, bajo la amenaza de pena de muerte y la confiscación de todos sus bienes.
El virrey le regresaba la posición en Valles a su opositor Guerrero, invalidando la Ejecutoria de Carvajal para esa área sureña del Nuevo Reino de León que le había otorgado la Audiencia; regresando Tampico, Pánuco y Valles a sus alcaldes mayores. De cierta forma arbitraria, las decisiones del virrey las daba en nombre del rey, sin su consentimiento ni la aprobación de los oidores de la Real Audiencia de México. Al retirar a los militares del territorio norteño, el virrey ponía en riesgo a la población fundadora del Nuevo Reino de León, la cual quedaba aislada dentro del territorio chichimeco.
En una carta de noviembre de 1586, el virrey Villamanrique justificaba su proceder ante el rey, argumentando falsamente de que Carvajal no había logrado fundar ningún asentamiento de sus capitulaciones y que tenía un largo historial de abusos contra la población nativa. Esto había sido lo contrario, como lo demuestran las declaraciones tomadas en la Audiencia de Guadalajara; Carvajal no permitía el abuso contra la población indígena.
A finales de enero, Carvajal envía carta al rey, presentando todo lo que había causado el virrey en su reino. La atrocidad mayor había sido la orden de dejar al Nuevo Reino de León sin soldados, dejando la población en la provincia sin protección. Los indígenas al ver la situación se rebelaron quemando las casas de los pueblos, tomando el ganado y matando algunos pobladores.
Después de intentar por cuatro meses en México ser recibido, Carvajal decidió regresar a su provincia sin el permiso del virrey. Lo que encontró en el norte y su final será contado en una próxima nota.