El empate le permitió al Dortmund cortar una racha de ocho derrotas consecutivas ante los bávaros.
Bayern se había adelantado con los goles de León Goretzka al minuto 33 y Leroy Sané al 53'.
Sin embargo, Youssoufa Moukoko descontó al 74' y, en la última jugada del partido, Modeste igualó para poner en pie al estadio del Dortmund.
El cuadro aurinegro terminó arrinconando al Bayern, que no pudo mantener la ventaja y además sufrió la expulsión de Kingsley Coman al minuto 90.
Esa superioridad numérica le cobró factura sobre el final al equipo bávaro, que se vio alcanzado en el marcador luego de que el defensor Nico Schlotterbeck se sumara al ataque y enviara el centro que remató Modest para colocar el empate.
Minutos antes ya había avisado el Dortmund, en un increíble error de Modeste, quien definió mal ante Manuel Neuer, portero que realizó una atajada a "quemarropa".
Tras el resultado, ambos equipos llegaron a 16 puntos en la clasificación de la Bundesliga.
Además, el empate benefició al Friburgo y Unión Berlín, quienes tienen 17 unidades y este domingo jugarán por el liderato del certamen.